Ok, we actually worked this out - there were 2 extra bytes doing nothing at the end of the files.  Opening the file in SoundForge and saving it (without changing it) took off the extra bytes and allowed the file to convert to FLAC.
<br><br>Thanks to everyone who emailed me suggestions.<br><br>Is there a decent program for linux that could automatically take these bytes off, without running the risk of removing good data?&nbsp; Or is there a way to get the flac converter to ignore this error and create the file?&nbsp; I&#39;m running flac 
1.2.1 on Red Hat Enterprise Linux ES release 4.<br><br>cheers,<br>Alex<br><br><div><span class="gmail_quote">
On 01/11/2007, <b class="gmail_sendername">Alex Brims</b> &lt;<a href="mailto:alex.brims@gmail.com" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">alex.brims@gmail.com</a>&gt; wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">

<div><font face="Arial" size="2"><span>Hi,</span></font></div>
<div>&nbsp;</div>
<div><font face="Arial" size="2"><span>I&#39;m having problems 
encoding certain&nbsp;WAV&nbsp;files to FLACs.&nbsp; I&#39;m working for a download store so we 
get&nbsp;loads of different WAVs from hundreds of suppliers and generally they encode 
ok, but sometimes we are getting unexplained errors.&nbsp; I&#39;ve looked through the 
archives for the last few months but I can&#39;t see any discussions that relate to 
this specific problem.</span></font></div>
<div><font face="Arial" size="2"><span></span></font>&nbsp;</div>
<div><font face="Arial" size="2"><span>This file: 
</span></font><font face="Arial" size="2"><span><a href="http://www.outspaced.com/tester.wav" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">http://www.outspaced.com/tester.wav</a></span></font><font face="Arial" size="2">

<span>
&nbsp;was received in a batch with 
14 other WAVs from a supplier.&nbsp;&nbsp; Of these, 4 got rejected by the FLAC encoder, 
while the rest got encoded successfully.</span></font></div>
<div><font face="Arial" size="2"><span></span></font>&nbsp;</div>
<div><font face="Arial" size="2"><span>Each one that got 
rejected encoded up to 98 or 99%, before quitting with this 
error:</span></font></div>
<div><font face="Arial" size="2"><span></span></font>&nbsp;</div>
<div><font face="Arial" size="2"><span>tester.wav: 98% 
complete, ratio=0.610882269808838_01_14.wav: ERROR: got partial 
sample<br><br></span></font></div>
<div><font face="Arial" size="2"><span>Normally when this 
error happens, the file has actually been truncated from a cutoff during FTP, but for these 
ones, the checksums supplied all match the ones we generated and the files don&#39;t sound like they&#39;re missing any 
audio.</span></font></div>
<div>&nbsp;</div>
<div><font face="Arial" size="2"><span>I&#39;ve got no idea 
what else could be wrong with the file ... is there any ways around 
this?</span></font></div>
<div>&nbsp;</div>
<div align="left">
<div align="left"><font face="Arial" size="2">Cheers,</font></div>
<div align="left"><font face="Arial" size="2">Alex</font></div>
<div align="left">&nbsp;</div></div>
</blockquote></div><br>